Si tratta di una raccolta antiquaria di tipo misto di particolare interesse, accorporata in diversi settori. In particolare, l'archivio custodisce una cospicua collezione di pergamene sveve e angioine (la più antica del 1243), nonchè il cossidetto libro rosso, contenente i privilegi concessi alla città dall'imperatore Carlo V nel 1553 e in seguito dai Farnese di Parma, la cui signoria in Altamura si protrasse dal 1542 al 1731.